陰茎背動脈は、尿生殖隔膜をつくる2層の筋膜の間を走り、その上面を貫いて恥骨結合の下面から出て、陰茎提靱帯と陰茎ワナ靱帯の間を経て陰茎の背面に達します。ここから先、陰茎背面で深陰茎筋膜の下を中央部を走る無対性の陰茎背静脈と、外側を走る有対性の陰茎背神経の間を前進して周囲の組織と包皮に分布します。