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口蓋扁桃は榛実大のやや長めの円扁な器官で、左右1つずつある。扁桃洞内に位置し、前後の口蓋弓とほぼ同じ高さに突出している。その外側面は頭咽頭筋の内面に接し、内頚動脈はおよそ1cm離れて上方に走行する。扁桃の外面は結合組織性の被膜で覆われ、容易に分離できる。内面（口峡に面する側）は口腔粘膜で被われ、この粘膜が扁桃内部に突起を形成し、12〜15の深いへこみ（扁桃小窩Fossulae tonsillares）を作る。
口蓋扁桃の微細構造：リンパ性組織からなり、粘膜とともに著しくうねった板を形成。その板には非常に多くのリンパ小節が密接して存在する（図081(上下の口蓋扁桃：概観図)）。
この扁桃組織は、成り立ちと病理学的観点から、リンパ組織と上皮の複合体（lymphoepitheliales Gewebe）とされる（Schmincke, Beitr. path. Anat. 68. Bd., 1921）。
扁桃内腔の壁には単純および分岐した乳頭がある。舌の小胞腺と同様、生体内ではリンパ球が上皮を貫いて絶えず腔内に移動する。
リンパ球による上皮の強い浸潤と、それに伴う破損は舌扁桃と同様である（前述β) 舌腺 Glandulae linguales, Zungendrüsen を参照）。しかしHellmann（Verh. anat. Ges., 1932）によると、上皮内のリンパ球の大半は表面に出ず、上皮内にとどまり、炎症原因や有害刺激に対する"防護壁"（Schutzwall）を形成するという。
口蓋扁桃周囲には様々な大きさの粘液腺と混合腺があり、その導管はリンパ小胞を貫いて小胞腔に開口している。
口蓋扁桃への主な血管は、顔面動脈由来の上行口蓋動脈の扁桃枝（R. tonsillaris）である。上行咽頭動脈、舌背動脈、口蓋動脈の枝も供給することがある。v. Hayekにより動静脈吻合が報告されている。
内頚動脈は口蓋扁桃からやや離れているため、手術時の損傷リスクは低い。大出血は主に、顔面動脈が極端に迂回している場合に起こりうる。
口蓋扁桃からのリンパ管は深頚リンパ節、特に内頚静脈上の大きなリンパ節1個に達する。Hoepke（Med. Welt 1934）は、口蓋扁桃への輸入リンパ管は存在せず、正常扁桃から常にリンパが上皮を通過して咽頭腔に達すると考えている。
神経支配は三叉神経および舌咽神経による。