終動脈を先に述べた終枝と混同してはならない。終動脈とは、ある器官に分布する比較的大きな動脈の幹で、毛細管に至る直前（Präkapillar）の動脈部分において他との吻合を全く持たないものを指す。大脳皮質、脳の灰白質性の核、肺、肝臓（門脈）、脾臓、腎臓、甲状腺にはこのような吻合が欠如している。終動脈は病理学において重要な役割を果たすのである。