動眼神経核は以下の特徴を持つ重要な脳の構造です：
第三脳神経（動眼神経）の起始核であり、動眼神経運動神経細胞の集合体です。
中脳被蓋の正中線背側部の両側に位置し、中脳中心灰白質の腹側にあります。
尾側端は滑車神経核の吻側端とほぼ連続しており、吻側端は中脳の最吻側レベルに達します。
動眼神経運動神経細胞は、支配する筋肉に対応して特定の配列を持っています。例えば：
に位置しています。
上直筋支配細胞柱のみが反対側の筋を支配し、他は同側の筋を支配します。
上眼瞼挙筋を支配する細胞柱は正中部にあり、不対で動眼神経核の尾側3分の1のレベルにのみ存在します（尾側正中核）。
また、副核（エディンガー・ウェストファル核）や正中核（ペルリア核）を含めて動眼神経核群とされることもあります。
J0861 (図863-871で示された切断方向を示す、成人の脳幹を後ろから右側からの図)
J0862 (図873-880で示された切断方向を示す、8〜9か月の人間の胎児の脳幹：後方およびやや右側からの図)
J0880 (動眼神経の開口部の高さ、8-9ヶ月胎児の脳幹の断面)